segunda-feira, julho 31, 2006

cadê o Osame?

Me desculpem aqueles que não sabem quem é o Osame (dica: frequentador assíduo de blogs científicos, autor prolífico do blog SEMCIêNCIA e docente da USP, só para listar algumas características mais óbvias).

Mas acho importante incluir esta pergunta (desculpem se inconveniente e muito particular - meio coisa de bloggeiro sem assunto... :( ), uma vez que parte do interesse do via gene é promover e preservar a divulgação científica em todos os seus veículos, inclusive - claro - o "blog" científico. Como o Osame "bloga" uma média de 5 "posts" por dia, isso faz com que sua "ausência" deixe um "gap" (uma lacuna) na pequena - mas expressiva - blogosfera científica brasileira.

Dadas as explicações: Osame, onde você está?

Quem tiver alguma idéia, favor incluir via comentários...

abraços e votos de uma breve "recuperação" ao nosso colega de blog!

sábado, julho 29, 2006

"oops effect": orfãos do GenBank

Mais uma nota interessante para aqueles que se dedicam a estudos com sequenciamento de DNA (e outros curiosos científicos) que acabou de sair na última versão da revista PLoS Biology. O artigo investiga casos de publicações científicas que omitem (propositalmente ou não) informações sobre o número de acesso no GenBank de sequências analisadas no trabalho, ou que nem submetem as sequências ao cadastro do GenBank (apesar da política da revista ser explícita quanto à necessidade de depositar todas as sequências utilizadas no estudo no GenBank e incluir o número de registro no manuscrito submetido para publicação). Foi uma surpresa encarar esses índices e a possibilidade de alguns erros serem intencionais por parte dos autores do artigo. Vale a pena conferir esta "denúncia"!
Refrência: Noor MAF, Zimmerman KJ, Teeter KC (2006) Data sharing: How much doesn’t get submitted to GenBank? PLoS Biol 4(7): e228. DOI: 10.1371/journal. pbio.0040228
alguns trechos retirados do artigo-denúncia:

"We know from personal experience that authors of published papers reporting DNA sequences sometimes intentionally fail to deposit their sequences to GenBank and refuse to release them upon request. Is this a rare exception, or do many papers make it past coauthors, associate editors, editors, reviewers, and journal staff without providing the purportedly required data accession numbers?"
mais um pouco:
"Between 3% and 20% of papers in these journals did not include GenBank accession numbers, and between 3% and 15% of studies never submitted their DNA sequences at all."
e a seguir, a finalização:
"The databases of GenBank, EMBL, and the DNA Databank of Japan [2,3,4] serve as a model for data sharing from which the entire scientifi c community can learn. Although they sometimes get bad publicity for errors in DNA sequence submissions (e.g., see [5]), the positive impact they have had on all areas of biology is enormous."
O artigo pode ser acessado (livremente) na íntegra aqui.

nota importante sobre acesso ao patrimônio genético

Vi hoje uma nota publicada no Jornal da Ciência reproduzindo notícia do Estadão (jornal "O Estado de SP"):

DECISÃO DO CONSELHO TIRA CIENTISTAS DA ILEGALIDADE

um avanço na comunicação entre IBAMA e comunidade científica no sentido de desburocratizar atividades científicas envolvidas com coletas de material biológico e inventários de biodiversidade, que esbarravam na medida provisória 2.186, que visa combater a biopirataria e a preservação do patrimômio genético.

trecho da notícia:
"A partir de agora, pesquisas taxonômicas que incluam seqüenciamento de DNA, mas que não tenham finalidade econômica ou comercial, não precisarão mais passar pelo CGEN (Conselho de Gestão do Patrimônio Genético)."

Boa notícia!

um pouco mais sobre a proposta aqui.

quinta-feira, julho 27, 2006

cientista robô?

Acaba de sair um artigo na revista Bioinformatics com o seguinte título:

"An ontology for a Robot Scientist"

(referência: Soldatova, L.N.; Clare, A.; Sparkes, A. & King, R.D (2006) Bioinformatics, 22(14):e464-e471; doi:10.1093/bioinformatics/btl207)

Repasso a seguir um trecho do resumo do artigo (publicado no formato de acesso-aberto ou acesso-livre):

Motivation: A Robot Scientist is a physically implemented robotic system that can automatically carry out cycles of scientific experimentation. We are commissioning a new Robot Scientist designed to investigate gene function in S. cerevisiae. This Robot Scientist will be capable of initiating >1,000 experiments, and making >200,000 observations a day. Robot Scientists provide a unique test bed for the development of methodologies for the curation and annotation of scientific experiments: because the experiments are conceived and executed automatically by computer, it is possible to completely capture and digitally curate all aspects of the scientific process. This new ability brings with it significant technical challenges. To meet these we apply an ontology driven approach to the representation of all the Robot Scientist’s data and metadata.
Pergunta: será que a atividade do cientista pode ser reduzida ao formato robótico? Não deveria ser algo mais na linha "robô científico" (= que executa tarefas científicas/conotação técnica) do que cientista-robô? Ou será que preparar uma bateria de reações de PCR, sequenciamento ou qualquer outra peripécia das bancadas de laboratórios de biologia molecular é suficiente para qualificar o sujeito (ou máquina) como cientista? Parece que cada vez mais, termos como reflexão e criatividade perdem espaço no mundo tecnológico (e eu sou favorável ao "tecnológico", mas sem perder a dimensão do talento humano). Um robô dificilmente será um cientista, assim como não será um artista (por mais que possa ser uma "fotocopiadora de luxo", com habilidade para trabalhar na bancada, não terá nunca "o brilho nos olhos" que vem com a descoberta científica). Faça uma observação rápida com qualquer aluno de iniciação científica e a evidência será monumental a favor do entusiasmo humano como parte integrante da definição de cientista!

terça-feira, julho 18, 2006

ciência do BR em alta?

relâmpago: ver aqui, via agência FAPESP, nota da CAPES sobre o produção de artigos científicos brasilieros que registra crescimento de 20%... posição do Brasil no "ranking" = 17° (não mudou apesar dos 20% extra). A notícia no portal da CAPES está aqui.

quarta-feira, julho 12, 2006

umas coisas interessantes da Nature desta semana:

1- Propaganda da Invitrogen:
Não, o propósito não é fazer propaganda desta empresa (até porque estou mais para a anti-propaganda desde que perdi 4 meses de trabalho com kits-problemas – algo que já comentei em algum lugar deste blog). Mas queria comentar algo sobre a “natureza perversa” das reações de PCRs (até porque eles andam muuuuito na minha cabeça ultimamente, bem mais do que eu gostaria...), e que achei que a tal propaganda se aproveitou disso, veja o que ela diz:
Get successful PCR the first time with AccuPrime(TM) enzymes and primers from Invitrogen. Put an end to waste: reduce rework, optimization, and repeat reactions. Start getting used to PCR you can count on.”
As palavras riscadas (era para ser riscado, mas não achei o recurso no blogger, então optei por re-traduzir como fonte: Webdings) são apenas para confirmar que a intenção não é – mesmo – propagandística (aliás, vez por outra me deparo com palavras e textos riscados em blogs e sites, mas nem sempre entendo o recado... já vi o The Loom utilizar esse recurso para corrigir algo no texto por sugestão “postada” via comments ou alguém falar mal do President Bush e riscar para...? o governo paranóico dos EUA não filtrar?!). Seja como for reparem: 1) “successful (...) first time”, pois, via de regra, PCRs nunca funcionam de primeira e sempre há uma longa e desgastante etapa de padronização experimental para fazê-los funcionar (como se ganhou um Nobel com isso? :)); 2) “reduce (...) repeat reactions”, sempre a tal otimização e finalmente 3) “you can count on”, sim pois esta “ferramenta”-mestre da biologia molecular deveria te ajudar – em teoria - e não te fazer entrar em parafuso! Mas parece que aqui funciona uma citação que vi na tese de uma aluna do lab. que era – mais ou menos assim: ops! Não vou poder re-escrever aqui antes da defesa da tese (27 de julho) para não me adiantar na idéia dela (salvo se eu for autorizada...), mas volte aqui depois desta data que eu incluo a tal citação que revela tudo sobre o estado de espírito das reações de Biologia Molecular.
Mas, vamos ao que interessa:
2 – questão de gênero
Neste comentário “Does gender matter?” (Nature 442, 133-136, 2006), Ban Barres argumenta contra a noção de que as mulheres não progridem nas áreas das ciências devido a inabilidade inata, que tem sido levada à sério por algumas “autoridades” acadêmicas. A introdução é uma historinha curiosa:

When I was 14 years old, I had an unusually talented maths teacher. One day after school, I excitedly pointed him out to my mother. To my amazement, she looked at him with shock and said with disgust: "You never told me that he wasblack". I looked over at my teacher and, for the first time, realized that he was an African-American. I had somehow never noticed his skin colour before, only his spectacular teaching ability. I would like to think that my parents' sincere efforts to teach me prejudice were unsuccessful. I don't know why this lesson takes for some and not for others. But now that I am 51, as a female-to-male transgendered person, I still wonder about it, particularly when I hear male gym teachers telling young boys "not to be like girls" in that same deroga-tory tone.”

É um texto que vale a pena ler, só para nos lembrarmos que tais questões são polêmicas vigentes e não devem passar em brancas nuvens...
3 – questão de direitos autorais

But would giving authors such rights (no caso, o direito de publicar/reproduzir livremente seus artigos) really damage journals? After all, many authors already post the final version of their paper on the web regardless of what their rights agreement says. A study by Jonathan Wren, a bio-informatician at the University of Oklahoma in Norman (J. D. Wren Br. Med. J. 330, 1128–1131; 2005), revealed that the final versions of more than one-third of articles in high-impact journals are freely available online” - veja o gráfico que ilustra o post (se eu conseguir incluir a imagem... ela não quer entrar...).

A nota “PS I want all the rights” (Nature 442, 118-119, 2006, de Emma Marris) é uma opinião interessante sobre os direitos autorais de publicações/revistas que não adotam o sistema open-access em conflito com a cobrança de instituições de pesquisa e financiamento para que os autores exijam diretos sobre estas publicações.

natureza: a "mãe" nua e crua

O livro infanil "Tem um cabelo na minha terra: uma história de minhoca" de Gary Larson é recomendado para crianças de 4 a 8 anos no site do submarino, mas na realidade é uma leitura sensacional para qualquer idade (eu mesma fui comprar de presente para a filha de um amigo e acabei comprando 2: um para mim! Bem... talvez eu não seja uma boa referência de "adulto"...). O autor Gary Larson (The Far Side) é famoso por seus quadrinhos cômicos retratando temas de biologia e história natural com uma ironia incomum e impregnado de conteúdo científco. Neste livro, a visão romântica da natureza é descaracterizada em prol da realidade desconcertante do mundo biológico, apresentada ao leitor pela perspectiva de uma família de minhocas (!). O livro foi publicado em 1998 (título original: There's a Hair in My Dirt!: A Worm's Story), após a fase Far Side Story, mas a crítica ao naturebismo romântico é atual e bem-humorada. O que inspirou este breve comentário no Via Gene foi um "post" recente do jornalista científico Marcelo Leite (Ciência em Dia) sobre o livro Challenging Nature - The Clash of Science and Spirituality at the New Frontiers of Life de Lee M. Silver que critica essas "...visões embasbacadas sobre uma Mãe Natureza benevolente, Gaia e quejandos." (palavras de M. Leite).
Mais um pouco sobre Gary Larson retirado da Wikipedia:
"One of Larson's more famous cartoons shows two chimpanzees grooming. One finds a human hair on the other and inquires about "doing a little more 'research' with that Jane Goodall tramp?" The Jane Goodall Institute thought this was in bad taste, and had their lawyers draft a letter to Larson and his distribution syndicate, in which they described the cartoon as an "atrocity". They were stymied, however, by Goodall herself, who revealed that she found the cartoon amusing. Since then, all profits from sales of a shirt featuring this cartoon go to the Goodall Institute."
PS - a menção ao site da empresa Submarino não tem nenhuma intenção propagandística, apenas informativa, além disso descobri que o mesmo livro está mais barato no site das Lojas Americanas...
PS2 - acabei de ver (via Google) que já fizeram até adaptações para o teatro desta história de G. Larson, conforme informa o artigo "O papel do teatro na divulgação científica: a experiência da SEARA da Ciência" publicado na edição de dezembro da revista Ciência e Cultura (SBPC) do ano passado (2005).

segunda-feira, julho 10, 2006

o melhor da copa 2006



http://www.stoo.cc/images/SAimages/6561zidane.gif

Veja no "link" acima a última cena da Copa do Mundo de 2006 que provavelmente ficará na memória de muitos (desculpem-me, mas não sei como incluir a animação diretamente na página... espero que o "link" sirva...). Bem, que dizem que o homem é um excelente cabeceador... No contexto evolutivo, Zidane parece estar meio distante dos primatas... quem sabe houve alguma hibridação, numa linhagem ancestral, com Ruminantia: Caprinae? Será que ele ficou "de bode" com a expulsão e por isso não foi receber a medalha? O que será que o italiano disse que despertou tal ira? E a tradução labial, cadê?! Provavelmente deve ser algo impublicável, mesmo para um "blog"...

sábado, julho 08, 2006

efeito Marcelo Leite


Sem tempo para um "postar" um comentário apropriado ao acontecimento do mês (ou do ano?) no Via Gene: 160 acessos num dia ... mas também não poderia deixar de destacar o "efeito Marcelo Leite" no número de acessos ao Via Gene... se continuar assim, vou ter que mudar o nome para "Via Láctea" (desculpem o trocadilho infame), ou seja, se você está lendo isso, há uma grande chance de que tenha sido redirecionado a este site via o blog Ciência em Dia (ou seja... via Marcelo LEITE) que fez um comentário, nesta matéria, sobre um post do Via. Valeu a nota Dr. Leite!

quinta-feira, julho 06, 2006

outros top-blogs científicos

Só para completar: os TOP5 blogs citados no último post se referem a blogs mantidos por pesquisadores/cientistas propriamente ditos ("working scientists", conforme a metodologia de busca dos blogs científicos mais populares). Então, ampliando um pouco a lista de blogs de ciência, a Nature apresenta também outros TOP5 blogs "alimentados" por escritores/jornalistas/entusiastas:

TOP1 - sciencebase
TOP2 - Science Blog
TOP3 - THE LOOM
TOP4 - Bad Astronomy
TOP5 - Archaeology

quarta-feira, julho 05, 2006

breves notas da Nature

Mais uma vez pequenas notas sobre algumas notícias do último volume da revista científica Nature:

1 - Blog também é ciência - mais uma vez a blogosphera científica conquista espaço em uma das mais conceituadas revistas científicas da atualidade. Aqueles que desdenham do potencial informativo e de divulgação deste "sistema de comunicação" on-line, open-access, altamente atualizado e de autoria não-anônima (o cientista exposto - taí outro bom nome para um "blog" científico) representado pelos blogs científicos vão, aos poucos, perdendo o bonde para uma comunidade científica mais comunicativa e aberta a inovações que democratizam o conhecimento e a participação irrestrita através de fóruns e painéis de comentários não-moderados (preservando-se a pauta científica, claro). A Nature lista os "TOP 5 blogs" científicos e explica sua metodologia via-technorati de "rankeamento". Uma versão mais extensa, incluindo os 50 blogs científicos mais "populares" também aparece como link na página da Nature.

Eis os TOP 5:
TOP1 - Pharyngula
TOP2 - Panda's Thumb
TOP3 - RealClimate
TOP4 - Cosmic Variance
TOP5 - The Scientific Activist

Alguns pontos de vista com os quais eu concordo:
1- Segundo Paul Myers, do blog Pharyngula: "A blog's more like the conversation you'd have at the bar after a scientific meeting";
2- Segundo Stefan Rahmstorf, do blog RealClimate: "the blog fills "a hunger for raw but accessible information" that goes deeper than newspaper articles, but is more easily understood than the scientific literature"; e
3- Segundo Sean Carroll, do blog Cosmic Variance: "Citing other blogs is a sure-fire way to get their notice and maybe a citation in return". But he cautions that citation counts and rankings can be a distraction. "It would be a shame if people worried about traffic and not about having a good blog".

2 - a caixa preta dos artigos científicos - do Editorial:
"That might seem obvious. But despite the efforts of our editors and referees, papers in the biological sciences are still being submitted — and occasionally published — that do not adequately describe the reagents used. Unless efforts are redoubled to eliminate this practice, we could see an era of 'black box' biology, in which outside researchers cannot work out what was done in an experiment."

Um editorial muito interessante comentando a publicação de artigos com metodologias incompletas ou ausentes em áreas de fronteira de conhecimento (como RNAi = RNA de interferência) e a política da revista em coibir tal prática e desestimular a submissão de artigos onde a metodologia não esteja explícita ou que informações complementares não sejam fornecidas pelos autores a quem quer que as solicite. Questões de patentes e desenvolvimentos na indústria e em empresas de biotecnologia são citadas como os agentes responsáveis pela prática de omitir informações estratégicas para a reprodução de determinado experimento - que as vezes passa desapercebida por revisores e editores - prática que será combatida com maior rigor.

3- a questão do peer-review - mais 4 breves comentários (acesso livre) sobre peer-review e autoria de artigos científicos. Destaco um que achei interessante - "Second Thoughts on who goes where in author lists" - que mostra a crescente importância do "corresponding author" (autor para o qual são encaminhadas eventuais questões, dúvidas ou solicitações de "reprints", normalmente o coordenador - mas não necessariamente o executor ou responsável direto - da pesquisa, o chefe-de-laboratório ou o idealizador do experimento). Dependendo do critério de avaliação, este autor (o "corresponding" ou "communicating author") é pontuado tal qual o primeiro autor do artigo ou recebe até uma pontuação maior (se não me engano, no último concurso para pesquisador da EMBRAPA, o candidato recebia maior pontuação quando citado como "corresponding author" do que se fosse um co-autor em outra "posição" da lista de autores - excetuando-se a posição de primeiro autor, cuja pontuação era a maior). Enfim, é uma discussão interessante. Como disse o autor da nota (William F. Laurance), antes de assiná-la: "Please note that I am the first, last and communicating author on this Correspondence", bem-humorado, não?

4- Um texto interessante do blog A Blog Around the Clock - que não é dos TOP5 da Nature (mas está entre os TOP50) - que também comenta sobre a blogosphera científica e seu impacto no futuro da ciência. Abaixo um trecho da introdução à matéria "postada":

"With a new blog being started every 7.5 minutes, and about 2 million blogs in existence right about....now...I want to start thinking about them a little bit more, particularly in the context of my own interest - science. What follows is likely to be an incoherent rant, but I need to write this in order to organize my own thoughts, so bear with me and please post comments. First, a bit of thought about blogs in general, then some thoughts about science, then later I will be putting the two together to try to see the role of blogs in science and how they may affect the way science is done in the future."

e... mais um pequeno trecho para despertar seu interesse nesta leitura:

"So, what is the role of blogs going to be in the future of science? I believe the blogs are going to speed up the internationalization of science, with positive effects for both American and foreign scientists. What expert science bloggers are doing right now and will do even more in the future is take expensive information and make it free. People with access to expensive journal subscriptions will link, excerpt, and comment on technical papers as soon as they are published, thus making them available to scientists in small schools, in foreign countries, and, importantly to, gasp - blasphemy! - amateur scientists. That is exactly what I intend to do with Circadiana. My scientific colleagues in Algeria, Argentina and Poland can contact me (or each other) and start fruitfull collaborations, not just read an occasional paper two months after its publication.."

That's all folks!

incrível... HULK?!


"You are Spider-Man

Spider-Man 70%
Robin 65%
Hulk 65%
Green Lantern 65%
Superman 55%
Wonder Woman 45%
Batman 40%
Supergirl 40%
The Flash 40%
Iron Man40%
Catwoman 20%


You are intelligent, witty, a bit geeky and have greatpower and responsibility."

Claro que isso é só uma entrada lúdica para animar um pouco este espaço (espero não comprometê-lo demais com essas gracinhas...)


Entrei num link (via blog do Daniel*) que te leva a descobrir com qual personagem das HQs você mais se identifica (se bem que, na minha opinião, falou incluir alguns "anti-heróis" para dar mais credibilidade à consulta - já pensou vc se identificando com o Coringa ou o editor-chefe do jornal do Peter Parker? Ou quem sabe, com a "mocinha" que está sempre à perigo, ops, EM perigo... :)).

Resultado: 70% de identidade com o "sempre-em-crise" Homem-Aranha, depois 65% de i.d. com o melancólico e sempre-alerta Robin, empatado com o politicamente incorreto e autêntico, porém facilmente irritável, Hulk... humm... fica para reflexão... tão confiável quanto se orientar pelo horóscopo todo dia... :)

Fica só essa notinha lúdica para atualizar um pouco as postagens do viagene...

*aliás Daniel, não estou conseguindo entrar no seu blog normalmente... será que alguma re-configuração recente "bloqueou" minha entrada via explorer (vou tentar com outro browser)? Só quando opto por "abrir arquivo com o programa... explorer" é que consigo visualizar sua página, mas depois não consigo incluir comentários... e o "Planeta Daniel" também está inacessível... ele já existe?